Vào thời nhà Nguyễn, Mộc Hóa chỉ là tên gọi một tổng thuộc huyện Quang Hóa, phủ Tây Ninh, tỉnh Gia Định. Vùng đất Mộc Hóa ngày nay khi ấy vừa thuộc tổng Mộc Hóa, huyện Quang Hóa, phủ Tây Ninh, tỉnh Gia Định và thuộc tổng Hưng Long, huyện Kiến Hưng, tỉnh Định Tường. Tổng Mộc Hóa gồm cả vùng rộng lớn nằm hai bên sông Vàm Cỏ Tây.
